Skolu loma AFS darbībā ir fundamentāli svarīga. Skolās satiekas visi starptautisko apmaiņas programmu dalībnieki – gan prom braucošie, gan iebraukošie skolēni, viņu vecāki/viesvecāki, skolotāji un klasesbiedri.
AFS ir atvērts sadarbībai ar jebkuru vidusskolu Latvijā neatkarīgi no tā, vai šai skolai iepriekš jau ir vai nav bijusi pieredze ar skolēniem no ārzemēm.
”AFS Latvija” sadarbības skolām piedāvā palīgmateriālus darbā ar ārzemju skolēniem, kā arī apmācību seminārus. Pirmais šāda veida seminārs notika 2009.gada novembrī, uz kuru ieradās skolotāji no visas Latvijas.
AFS izstrādātu rokasgrāmatu skolām var saņemt pēc pieprasījuma, rakstot vai zvanot uz ”AFS Latvija” biroju.